RFdiffusion3 将扩散建模从残基级提升到原子级，标志着蛋白设计真正进入全原子分辨率时代。

系统梳理蛋白质 binder 设计从 Rosetta 到 ProteinMPNN / AlphaFold，再到 RFdiffusion 的三代方法学演进。

Baker 团队提出一套通用的计算设计框架，可针对任意本质无序区域（IDR）序列设计高亲和力、高特异性的结合蛋白，在 43 个目标中获得 39 个成功命中，并通过晶体结构与 NMR 验证“诱导契合”机制。