苹果发布蛋白结构预测模型 SimpleFold，完全抛弃 MSA、pair 表示与 triangle updates，仅依赖通用 Transformer 与 flow-matching 生成式训练目标，在 CASP14 与 CAMEO 等基准上达到接近 AlphaFold2 的精度，同时具备多构象生成能力，并可在消费级硬件上运行。

RareFold 在 AlphaFold2 架构上引入“氨基酸 token 扩展”策略，使模型能够直接建模 29 种非天然氨基酸的结构特征，并在多项预测任务中优于 AlphaFold3；同时结合 EvoBindRare 框架，实现了含非天然氨基酸线性与环状多肽的从头设计，并通过 SPR 实验获得 μM 级真实结合活性。