西湖大学原发杰团队提出三模态蛋白语言模型 ProTrek，通过联合对齐序列、结构与功能文本三种模态，在统一语义空间中实现跨模态蛋白搜索。该模型在多项检索基准上相较现有方法提升一个数量级，并成功指导发现并改造新型 UDG 变体，实现高效碱基编辑的真实实验验证。

SWING 提出一种全新的“蛋白互作语言模型”框架：在建模前先将两条序列的局部配对关系编码为交互语法，再学习其统计规律。该方法在 pMHC 结合预测中实现跨等位基因、跨类别、跨物种的零样本泛化，并可扩展用于预测氨基酸变异导致的互作破坏。