一份系统梳理 AI4S 工具的实用指南。

UniMoMo 提出首个统一建模小分子、肽与抗体结合体的生成框架，通过 Graph of Blocks 表示与几何潜空间扩散模型，实现跨分子类型的高质量生成，在三类任务上全面超越现有专用模型，展示出“通用分子生成模型”的可行性。

西湖大学卢培龙团队在 Cell 报道首个完全从零设计、具备电压响应能力的人工离子通道蛋白，在结构、电生理与神经元系统中均获得功能验证，展示了“可感知、可响应”蛋白的可编程设计能力。

DeepMind 推出 AlphaProteo，将能力从结构预测推进到高亲和力蛋白结合物设计，并在 SARS-CoV-2、VEGF-A 等真实体系中实现功能级验证，标志着蛋白设计迈入可直接应用阶段。

Arc Institute 团队利用基因组语言模型 Evo 首次实现完整噬菌体基因组的生成、合成与复活，标志着 AI 从蛋白质设计迈入生命系统整体设计阶段。

ICML 2025 Spotlight 工作 Pallatom 提出直接建模 P(all-atom) 的蛋白生成框架，通过 atom14 表示与双轨道架构，实现序列与结构的端到端耦合生成，在设计性、多样性与新颖性上全面超越现有方法，开启全原子蛋白设计新范式。

BindCraft 正式发表于 Nature，展示出“one-shot”式蛋白 binder 设计能力：无需高通量筛选，仅通过计算设计即可在多类真实靶点上获得纳摩尔级高亲和力结合蛋白，并已被多家跨国药企实际采用。

西湖大学卢培龙团队在 Nature 报道首个完全从零设计、可稳定嵌入细胞膜并激活小分子荧光的人工跨膜蛋白。该蛋白不仅实现纳摩尔级亲和力结合，还通过晶体学与冷冻电镜验证其结构与设计高度一致，展示了跨膜功能蛋白可被精准设计的可能性。

BoltzDesign1 利用 Boltz 全原子模型进行反向优化，在无需扩散模型的情况下实现高成功率与高多样性的结合物设计，并首次系统性展示其在小分子、金属、核酸及翻译后修饰靶标上的通用潜力。

基于 3,766 个实验验证的 binder 设计数据，这篇 bioRxiv 预印本系统比较了 AF2、AF3、Boltz-1 等预测指标，提出 AF3 的 ipSAE_min 是目前最稳健的筛选信号，并给出了可直接落地的筛选策略。