一份系统梳理 AI4S 工具的实用指南。

西湖大学曹龙兴团队在 Science 报道一种从头设计的“动态蛋白系统”，可在两种构象状态间稳定切换，并通过口服小分子实现对蛋白组装与解体的精准遥控。该系统不仅在体外成立，还在细胞与小鼠体内实现稳定、可逆、低漏启动的功能调控。

Baker 团队提出 RFdiffusion2 框架，从反应所需的关键原子几何出发，直接生成可折叠、可表达、且具备高催化活性的 de novo 金属水解酶。设计酶 ZETA 系列在无需定向进化的情况下即达到 10⁴–10⁵ M⁻¹ s⁻¹ 的催化效率，并通过晶体结构验证其与设计模型高度一致，标志着功能导向蛋白设计范式的成立。

RFdiffusion3（RFD3）正式开源，首次实现原子级扩散建模的通用分子生成框架，可统一支持蛋白–蛋白、蛋白–DNA、蛋白–小分子与酶设计等多类任务，在速度上较 RFD2 提升约 10 倍，并在多个真实设计任务中取得实验验证结果。

UniMoMo 提出首个统一建模小分子、肽与抗体结合体的生成框架，通过 Graph of Blocks 表示与几何潜空间扩散模型，实现跨分子类型的高质量生成，在三类任务上全面超越现有专用模型，展示出“通用分子生成模型”的可行性。

Protein Hunter 提出一种全新的蛋白设计范式：利用 AlphaFold3 / Boltz 等结构预测模型在信息不足输入下产生的“结构幻觉”，结合 ProteinMPNN 等序列设计器构建结构–序列闭环循环，在无需微调模型、无需梯度优化的前提下，实现稳定 backbone 生成，并在 binder、小分子、环肽、DNA/RNA 及 motif scaffold 等多任务中优于传统方法。

百奥几何发布 GeoFlow-V3，引入多步推理与 in silico 演化机制，使抗体设计模型具备“自我评估与自我优化”能力。在多个真实靶点（TSLP、IL-33、PD-1 等）任务中，仅测试约 50 条序列即可稳定获得 nM 级结合分子，平均湿实验命中率达 15.5%，将抗体发现流程压缩至三周。

西湖大学卢培龙团队在 Cell 报道首个完全从零设计、具备电压响应能力的人工离子通道蛋白，在结构、电生理与神经元系统中均获得功能验证，展示了“可感知、可响应”蛋白的可编程设计能力。

DeepMind 推出 AlphaProteo，将能力从结构预测推进到高亲和力蛋白结合物设计，并在 SARS-CoV-2、VEGF-A 等真实体系中实现功能级验证，标志着蛋白设计迈入可直接应用阶段。

Arc Institute 团队利用基因组语言模型 Evo 首次实现完整噬菌体基因组的生成、合成与复活，标志着 AI 从蛋白质设计迈入生命系统整体设计阶段。