NCFlow 提出一个面向非天然氨基酸（ncAA）的原子级构象生成模型，能够在蛋白 pocket 环境中预测任意 ncAA 的合理三维构象，并结合深度打分与分子动力学模拟，构建出一套可系统性设计高亲和力 ncAA 多肽的端到端流程。

RareFold 在 AlphaFold2 架构上引入“氨基酸 token 扩展”策略，使模型能够直接建模 29 种非天然氨基酸的结构特征，并在多项预测任务中优于 AlphaFold3；同时结合 EvoBindRare 框架，实现了含非天然氨基酸线性与环状多肽的从头设计，并通过 SPR 实验获得 μM 级真实结合活性。