西湖大学原发杰团队提出三模态蛋白语言模型 ProTrek，通过联合对齐序列、结构与功能文本三种模态，在统一语义空间中实现跨模态蛋白搜索。该模型在多项检索基准上相较现有方法提升一个数量级，并成功指导发现并改造新型 UDG 变体，实现高效碱基编辑的真实实验验证。

PepMLM 提出一种完全基于序列的结合肽设计框架，仅输入靶蛋白序列即可生成高特异性肽分子。在多项任务中命中率超过结构驱动方法，并通过 ELISA、细胞降解与病毒感染实验验证其真实功能。