分子动力学模拟（MD）提供了比对接更接近真实生物环境的“分子电影”，能够刻画蛋白与配体的动态行为、构象变化与热力学本质，是连接计算预测与湿实验之间最关键的桥梁之一。

NCFlow 提出一个面向非天然氨基酸（ncAA）的原子级构象生成模型，能够在蛋白 pocket 环境中预测任意 ncAA 的合理三维构象，并结合深度打分与分子动力学模拟，构建出一套可系统性设计高亲和力 ncAA 多肽的端到端流程。