UniMoMo 提出首个统一建模小分子、肽与抗体结合体的生成框架，通过 Graph of Blocks 表示与几何潜空间扩散模型，实现跨分子类型的高质量生成，在三类任务上全面超越现有专用模型，展示出“通用分子生成模型”的可行性。

ICML 2025 Spotlight 工作 Pallatom 提出直接建模 P(all-atom) 的蛋白生成框架，通过 atom14 表示与双轨道架构，实现序列与结构的端到端耦合生成，在设计性、多样性与新颖性上全面超越现有方法，开启全原子蛋白设计新范式。