西湖大学原发杰团队提出三模态蛋白语言模型 ProTrek，通过联合对齐序列、结构与功能文本三种模态，在统一语义空间中实现跨模态蛋白搜索。该模型在多项检索基准上相较现有方法提升一个数量级，并成功指导发现并改造新型 UDG 变体，实现高效碱基编辑的真实实验验证。

苹果发布蛋白结构预测模型 SimpleFold，完全抛弃 MSA、pair 表示与 triangle updates，仅依赖通用 Transformer 与 flow-matching 生成式训练目标，在 CASP14 与 CAMEO 等基准上达到接近 AlphaFold2 的精度，同时具备多构象生成能力，并可在消费级硬件上运行。

腾讯 AI for Life Sciences Lab 提出生成式抗体基础模型 IgGM，首次将结构预测、逆向设计、亲和力成熟、人源化、框架区优化与 de novo 设计统一进单一模型框架。在 PD-L1、新冠 RBD、IL-33 等多个真实体系中完成体外实验验证，并成功设计出具备 nM–pM 级亲和力的全新抗体分子。

NVIDIA 提出并开源 La-Proteina，一种基于“部分潜变量 + 流匹配”的全原子蛋白生成模型，可同时生成 backbone、侧链与序列，并稳定扩展至 800 残基长链。模型在结构物理合理性、rotamer 分布与 motif scaffolding 等任务上显著优于现有方法，首次实现大尺度全原子蛋白生成的可扩展性。