Baker 团队提出 RFdiffusion2 框架，从反应所需的关键原子几何出发，直接生成可折叠、可表达、且具备高催化活性的 de novo 金属水解酶。设计酶 ZETA 系列在无需定向进化的情况下即达到 10⁴–10⁵ M⁻¹ s⁻¹ 的催化效率，并通过晶体结构验证其与设计模型高度一致，标志着功能导向蛋白设计范式的成立。

RFdiffusion3（RFD3）正式开源，首次实现原子级扩散建模的通用分子生成框架，可统一支持蛋白–蛋白、蛋白–DNA、蛋白–小分子与酶设计等多类任务，在速度上较 RFD2 提升约 10 倍，并在多个真实设计任务中取得实验验证结果。

LigandMPNN 在 ProteinMPNN 基础上引入配体原子级上下文建模，可同时感知蛋白与小分子、核酸、金属离子的空间关系，在序列设计与侧链构象预测上全面超越 Rosetta 与传统方法，并通过多组结合实验验证其真实功能性。