PepMLM 提出一种完全基于序列的结合肽设计框架，仅输入靶蛋白序列即可生成高特异性肽分子。在多项任务中命中率超过结构驱动方法，并通过 ELISA、细胞降解与病毒感染实验验证其真实功能。

提出 Click Fusion 策略，通过 de novo 设计的刚性融合蛋白稳定 GPCR 的非活化构象，使原本难以解析的 inactive 态结构可被高分辨率 cryo-EM 成功解析，并在多个受体上验证其通用性与可迁移性。

Baker 团队提出一套通用的计算设计框架，可针对任意本质无序区域（IDR）序列设计高亲和力、高特异性的结合蛋白，在 43 个目标中获得 39 个成功命中，并通过晶体结构与 NMR 验证“诱导契合”机制。

EvoBind2 提出一种完全无需结构与位点信息的“盲设计”框架，仅基于靶蛋白序列即可设计出不同长度的线性与环状肽结合物，在 SPR 实验中获得最高 19 nM 亲和力，并通过对抗性过滤显著提升成功率。