UniMoMo 提出首个统一建模小分子、肽与抗体结合体的生成框架，通过 Graph of Blocks 表示与几何潜空间扩散模型，实现跨分子类型的高质量生成，在三类任务上全面超越现有专用模型，展示出“通用分子生成模型”的可行性。

西湖大学卢培龙团队在 Cell 报道首个完全从零设计、具备电压响应能力的人工离子通道蛋白，在结构、电生理与神经元系统中均获得功能验证，展示了“可感知、可响应”蛋白的可编程设计能力。

Nature Nanotechnology 报道一种完全从头设计的螺旋蛋白丝，可在不同 pH 条件下实现可逆自组装与解聚，并通过 cryo-EM 精确解析其原子结构，展示了蛋白质作为“可编程纳米材料”的巨大潜力。

ICML 2025 Spotlight 工作 Pallatom 提出直接建模 P(all-atom) 的蛋白生成框架，通过 atom14 表示与双轨道架构，实现序列与结构的端到端耦合生成，在设计性、多样性与新颖性上全面超越现有方法，开启全原子蛋白设计新范式。

研究团队在 Nature Chemistry 报道一种全新的从头设计光控蛋白策略：通过引入光响应非天然氨基酸 AzoF，在设计阶段即内置“分子开关”，实现蛋白复合体在不同波长光照下的可逆组装与解离，并完成结构解析与多场景功能验证。

BindCraft 正式发表于 Nature，展示出“one-shot”式蛋白 binder 设计能力：无需高通量筛选，仅通过计算设计即可在多类真实靶点上获得纳摩尔级高亲和力结合蛋白，并已被多家跨国药企实际采用。

西湖大学卢培龙团队在 Nature 报道首个完全从零设计、可稳定嵌入细胞膜并激活小分子荧光的人工跨膜蛋白。该蛋白不仅实现纳摩尔级亲和力结合，还通过晶体学与冷冻电镜验证其结构与设计高度一致，展示了跨膜功能蛋白可被精准设计的可能性。

Cell 报道一种从零设计的 21 aa 多肽 ELIXIR，可选择性修复病态钠通道的晚钠电流异常，在细胞、动物模型及患者来源细胞中实现功能级逆转，为通道病治疗提供全新范式。

提出 Click Fusion 策略，通过 de novo 设计的刚性融合蛋白稳定 GPCR 的非活化构象，使原本难以解析的 inactive 态结构可被高分辨率 cryo-EM 成功解析，并在多个受体上验证其通用性与可迁移性。

Baker 团队提出一套通用的计算设计框架，可针对任意本质无序区域（IDR）序列设计高亲和力、高特异性的结合蛋白，在 43 个目标中获得 39 个成功命中，并通过晶体结构与 NMR 验证“诱导契合”机制。