西湖大学原发杰团队提出三模态蛋白语言模型 ProTrek，通过联合对齐序列、结构与功能文本三种模态，在统一语义空间中实现跨模态蛋白搜索。该模型在多项检索基准上相较现有方法提升一个数量级，并成功指导发现并改造新型 UDG 变体，实现高效碱基编辑的真实实验验证。

PepCCD 提出一种融合对比学习与条件扩散模型的端到端框架，仅凭蛋白序列即可生成靶点特异性多肽。该方法在结合能力、多样性、生物活性预测与推理效率上全面优于现有序列方法，并在多项任务中可与结构驱动模型媲美。