Baker 团队提出 RFdiffusion2 框架，从反应所需的关键原子几何出发，直接生成可折叠、可表达、且具备高催化活性的 de novo 金属水解酶。设计酶 ZETA 系列在无需定向进化的情况下即达到 10⁴–10⁵ M⁻¹ s⁻¹ 的催化效率，并通过晶体结构验证其与设计模型高度一致，标志着功能导向蛋白设计范式的成立。

分子动力学模拟（MD）提供了比对接更接近真实生物环境的“分子电影”，能够刻画蛋白与配体的动态行为、构象变化与热力学本质，是连接计算预测与湿实验之间最关键的桥梁之一。

针对糖分子柔性高、结合位点浅表亲水导致传统对接方法失效的问题，作者提出 WIIGA（水分子引导对接）策略，利用 apo 结构中的结晶水分布作为“相互作用线索”，引导糖分子构象搜索，并结合 3D-score 重新排序候选构象，在 30 个蛋白–寡糖体系中将正确预测率提升至 53%，显著优于现有方法。