苹果发布蛋白结构预测模型 SimpleFold，完全抛弃 MSA、pair 表示与 triangle updates，仅依赖通用 Transformer 与 flow-matching 生成式训练目标，在 CASP14 与 CAMEO 等基准上达到接近 AlphaFold2 的精度，同时具备多构象生成能力，并可在消费级硬件上运行。

ICML 2025 Spotlight 工作 Pallatom 提出直接建模 P(all-atom) 的蛋白生成框架，通过 atom14 表示与双轨道架构，实现序列与结构的端到端耦合生成，在设计性、多样性与新颖性上全面超越现有方法，开启全原子蛋白设计新范式。

BindCraft 正式发表于 Nature，展示出“one-shot”式蛋白 binder 设计能力：无需高通量筛选，仅通过计算设计即可在多类真实靶点上获得纳摩尔级高亲和力结合蛋白，并已被多家跨国药企实际采用。

BoltzDesign1 利用 Boltz 全原子模型进行反向优化，在无需扩散模型的情况下实现高成功率与高多样性的结合物设计，并首次系统性展示其在小分子、金属、核酸及翻译后修饰靶标上的通用潜力。

BindCraft 提出一个全自动蛋白 binder 设计平台，通过反向优化 AlphaFold2 并结合 MPNN 与 Rosetta，在无需高通量筛选的情况下实现接近 50% 成功率的功能性结合剂设计。

RareFold 在 AlphaFold2 架构上引入“氨基酸 token 扩展”策略，使模型能够直接建模 29 种非天然氨基酸的结构特征，并在多项预测任务中优于 AlphaFold3；同时结合 EvoBindRare 框架，实现了含非天然氨基酸线性与环状多肽的从头设计，并通过 SPR 实验获得 μM 级真实结合活性。