ICML 2025 Spotlight 工作 Pallatom 提出直接建模 P(all-atom) 的蛋白生成框架，通过 atom14 表示与双轨道架构，实现序列与结构的端到端耦合生成，在设计性、多样性与新颖性上全面超越现有方法，开启全原子蛋白设计新范式。

研究团队在 Nature Chemistry 报道一种全新的从头设计光控蛋白策略：通过引入光响应非天然氨基酸 AzoF，在设计阶段即内置“分子开关”，实现蛋白复合体在不同波长光照下的可逆组装与解离，并完成结构解析与多场景功能验证。

系统梳理蛋白质 binder 设计从 Rosetta 到 ProteinMPNN / AlphaFold，再到 RFdiffusion 的三代方法学演进。

围绕“如何用机器学习刻画蛋白质构象集合”，系统梳理了四条核心路径：多态结构生成、分子动力学加速、无序蛋白建模与实验约束融合，展现出从“结构预测”走向“动态建模”的清晰技术演化方向。

BindCraft 正式发表于 Nature，展示出“one-shot”式蛋白 binder 设计能力：无需高通量筛选，仅通过计算设计即可在多类真实靶点上获得纳摩尔级高亲和力结合蛋白，并已被多家跨国药企实际采用。

西湖大学卢培龙团队在 Nature 报道首个完全从零设计、可稳定嵌入细胞膜并激活小分子荧光的人工跨膜蛋白。该蛋白不仅实现纳摩尔级亲和力结合，还通过晶体学与冷冻电镜验证其结构与设计高度一致，展示了跨膜功能蛋白可被精准设计的可能性。

BoltzDesign1 利用 Boltz 全原子模型进行反向优化，在无需扩散模型的情况下实现高成功率与高多样性的结合物设计，并首次系统性展示其在小分子、金属、核酸及翻译后修饰靶标上的通用潜力。

Cell 报道一种从零设计的 21 aa 多肽 ELIXIR，可选择性修复病态钠通道的晚钠电流异常，在细胞、动物模型及患者来源细胞中实现功能级逆转，为通道病治疗提供全新范式。

基于 3,766 个实验验证的 binder 设计数据，这篇 bioRxiv 预印本系统比较了 AF2、AF3、Boltz-1 等预测指标，提出 AF3 的 ipSAE_min 是目前最稳健的筛选信号，并给出了可直接落地的筛选策略。

SWING 提出一种全新的“蛋白互作语言模型”框架：在建模前先将两条序列的局部配对关系编码为交互语法，再学习其统计规律。该方法在 pMHC 结合预测中实现跨等位基因、跨类别、跨物种的零样本泛化，并可扩展用于预测氨基酸变异导致的互作破坏。