我是谁

刘安吉 (Andy Liu)

清华大学 结构生物学博士生 | AI4S 开发者

你好！我是一名游走在 “湿实验” 与 “干实验” 边缘的探索者。
我的核心目标是利用深度学习模型（AlphaFold, RFdiffusion）理解并“设计”蛋白质结构与功能。

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🎓 教育背景 (Education)

清华大学 (Tsinghua University) | 博士生在读

  • 2022 - 至今 | 生物学

上海科技大学 (ShanghaiTech University) | 本科

  • 2018 - 2022 | 生物医学工程

🧬 研究聚焦 (Research Focus)

我关注 结构生物学 × 人工智能 (AI4S) 的交叉领域，致力于将生成式 AI 作为结构生物学的“分子工具”。

🚀 进行中的项目 (Selected Projects)

1. 膜蛋白结构解析的“AI 助攻”：Binder 设计

针对难以解析的复杂膜蛋白，利用 RFdiffusion 和 ProteinMPNN 从头设计特异性结合蛋白（Binder），以锁定特定构象。

  • SFXN1 线粒体膜蛋白： 设计构象选择性 Binder，缓解结构解析中的构象异质性问题。
  • LRP1 多结构域受体： 针对特定结构域设计 Binder，辅助冷冻电镜（Cryo-EM）颗粒重构。
  • Nav 钠离子通道： 利用生成式模型引导 Binder 偏向结合 Resting State，捕捉离子通道的瞬态构象。

2. 多肽与抗体的理性工程化

  • 天然毒素改造： 以毒素多肽为骨架，探索“序列–结构–功能”的可设计空间，开发靶向离子通道的先导分子。
  • 纳米抗体 (Nanobody) 优化： 针对 IL-33 靶点，结合结构信息与 AI 模型优化抗体的亲和力与稳定性。

🛠 技术能力 (Technical Skills)

🤖 AI & Modeling

AlphaFold2/3 RFdiffusion ProteinMPNN Boltzgen PyTorch

🧪 Wet Lab & Structure

Cryo-EM (Data Proc) PyMOL / ChimeraX GROMACS

💻 Development

Python Linux / Shell (HPC) Git / Actions Docker

📝 Writing & Docs

LaTeX Markdown Hugo

📫 联系方式 (Contact)